Fireflyのコマンドオプション

工夫する余地はあるのだろうけど、現状私は以下のコマンドで実行しています。

firefly820 -i ./inputfile.inp -o ./output.log -r -f -p -stdext

-なになには、オプションで説明は下記の通り。

このコマンドでは、カレントディレクトリにインプットファイルがあり、アウトプットも同じ階層に書き出されます。

 

(実行ファイルへはパスを通しています。蛇足ですが、パスの通し方について。

HOMEディレクトリの

.bashrc

.bash_profile

.profile

のいずれかの文末に以下を追加 (hogeには、firefly820 実行ファイルへのパス。)

PATH="$PATH:hoge"
export PATH

保存して閉じて、

source .bashrc (or .basu_profile or .profile)

echo $PATH

でパスを確認できる。)

 

 

以下は、主なオプションの説明になります。

詳しくは、

Firefly DOCUMENTATION - command line arguments

に。というか、ここの訳になります。

-i filename : 使用するインプットファイルを指定。filenameには正確なファイル名を入力し、パスも指定する

-o filename : アウトプットファイルの名前を指定。パスも指定する。

-b filename : 拡張規定関数系ライブラリのパスを指定する。$BASIS EXTFIL=.T.(有効)のときのみ機能する。コマンドがない場合、input fileと同じフォルダのBASIS.LIBを読み込もうとする。

-r : ジョブ終了後にテンポラリファイルを消去する。

-f : 古いPUNCH or IRCDATA fileがあっても強制的に計算を実行する。

-p : すべてのアウトプットファイルをworking directoryからアウトプットファイルを出力するderectoryへ保存先を変える。

-ncores number : CPU毎の使用するコア数を指定する

-nthreads number : 使用するスレッド数を指定する。

-nompi : 並列計算をやめ強制的にシングルコアの計算にする。

-prof : リアルタイムのプロファイルを作成する。

 

Firefly (PCgamess) のインストール その2

前回にひきつづき、Firefly (PC gamess)のインストールの手順です。

ちょっとばかし苦労しましたが、なんとかうまくいきました。

電荷計算、HOMO・LUMO準位もちゃんと計算できてそうです。

 

compute.hatenablog.com

 

ダウンロードしたバージョン:Firefly version 8.2.0 download links, Linux/MPICH (a.k.a MPICH-1) using ssh as remote shell, statically linked with MPICH

(Firefly version 8.2.0 download links, Linux/MPICH (a.k.a MPICH-1) using rsh as remote shell, statically linked with MPICH でも可。ほかのは難しいかも)

zipを展開

rarを展開 (unrar パッケージをインストールする必要あり)

 この段階でパスワードキーが必要になります。メールのコードからコピペしましょう。

(注:展開したそのディレクトリにファイルが生成されるので注意が必要。展開したファイルを不用意に移動すると計算ができなくなることがあるので展開する際に好みのディレクトリに移動しておくこと)

chmod +x ./firefly***(今回はFirefly820・パーミッションを変更し実行可能にする

!!ここで実行できなかったら、32

ビットを走らせるためのパッケージが必要なのかも

sudo apt-get install libc6:i386 libstdc++6:i386

sudo apt-get install ia32-libs

あたりのコマンドを試すとうまくいくと思われます。

 

・実行コマンドについて

実行ファイルはバイナリで、Firefly820 がそれにあたります。

実行コマンドも色々オプションがあるので、別の記事にまとめます。(gamess US と同様、output fileがすでにあって重複すると計算できない)

 

Firefly (PCgamess) のインストール その1

gamess(US) をインストールしていました。だけど、わけあって過去の自分のメモに従って再インストールして再計算してみるとなんだかうまくいかない(?)現象が・・・

 

compute.hatenablog.com具体的に言うとmulliken population のところがうまく計算できていません。(一回目はうまくいってたのになんで?)

partial charge とか valence bond が計算できていないのでちょっとつらい。

いろいろ試したけどメドがたたないので、gamess の兄弟とでもいうべき Firefly(PCgamess) でお茶を濁すことにしました。

詳しいことはわかりませんが、Fireflyのほうが計算が早い(とくにdft計算においては)らいしいので、まあいいか・・・といった感じです。

 

公式のHPは以下のアドレス

classic.chem.msu.su

インストールですが、それほど難しくなさそうです。

Downloadのページから規約を読んでページしたの I agree をクリック

自分の環境にあったzip ファイルをインストール

zipファイルを展開すると以下のファイルがあります。

ff820_linux_mpich1-dyn.rar

License.pdf

Registration_email_template.txt

readme.txt
Registration_email_sample.txt

changelog_820.txt

メールを送って認証・キーを入手する必要があります。丁寧に、テンプレートとサンプルが用意されているのでそれに従ってかいたらOK。

アドレスは、gran@classic.chem.msu.su

数日中に認証キーが送られてきます。

 

 

 

ubuntu 環境でcpuとメモリとかの情報を知りたいとき

パス /proc/ 下のテキストファイルに書いてある。

例えば、

less /proc/cpuinfo

でcpuについてm

less /proc/meminfo

でメモリについて見ることができる。

現在使用中のubuntuのバージョンが知りたいなら、

less /etc/os-release

で見れます。

 

ubuntu でのパッケージ管理のコマンド

パッケージリストの更新 apt-get update

インストールしているパッケージの更新 apt-get upgrade

パッケージのインストール apt-get install パッケージ名 

パッケージを削除する apt-get remove パッケージ名 

パッケージを探す apt-cache search パッケージ名

パッケージの情報を見る apt-cache show パッケージ名

gamessのプリ・ポスト処理ソフト(avogdro, wxMacMolPlt)

分子モデルを作るには、avogdroというソフト、

可視化にはwxMacMolPltというソフトが便利で、それらのubuntuへのインストール手順

 

#avogadro のインストール packageがあるので、簡単
sudo apt-get udate
sudo apt-get install avogadro

avogadro で実行可能

 


#wxMacMolPltのインストール package(バイナリ)もあるらしいが、ソースからインストールした
動かすためには、
wxWidgets
それをうごかすために
GTK+
というパッケージが必要な様子

# wxWidgetsの導入 
# https://yogsite.herokuapp.com/contents/20170121000003
# のサイトを参考にしました


1.まず、GTK+のインストール
sudo apt-get install libgtk-3-dev

2.wxWidgetsの入手
公式のダウンロードページ(http://www.wxwidgets.org/downloads/)からソースファイルをダウンロード
今回は、wxWidget-3.1.1.tar.bz2 

3.
wxWidgetsのtarballをインストールしたいディレクトリへコピー、
そのディレクトリで
tar -xvf wxWidget-3.0.4.tar.bz2
作成されたディレクトリへ移動して
 mkdir build_gtk
 cd build_gtk
 ../configure --with-gtk=3 --disable-shared --enable-unicode
 make

make には時間がかかる。

同じディレクトリで
sudo make install
sudo ldconfig

##uninstallするには、build_gtkフォルダでmake uninstall##
##3.1.1はバグがあってだめステイブルバージョン(2018/07/21)3.0.4にするとおそらく問題なし##


4、wxMacMolPltのソースファイル ページ(http://brettbode.github.io/wxmacmolplt/downloads.html)を参照した。
http://brettbode.github.io/wxmacmolplt/downloads.html
から、linux用のソースファイルを
今回は、wxmacmolplt-7.7.tar.gzをダウンロード
任意のディレクトリに入れて
tar -xvf wxmacmolplt-7.7.tar.gz
生成されたディレクトリへ移動して、
./configure
make
sudo make install

(アンインストールするには、make file のあるところで sudo make uninstall)

 

srcフォルダのなかに実行ファイル wxmacmolplt がある。

wxmacmolplt

とうてば実行できる。

OpenFOAM チュートリアルの実行

試しに、

hoge/tutorials/incompressible/simpleFoam/pipeCyclic

pipeCyclicフォルダがケースディレクトリに相当する。このディレクトリで、

tree -Fを実行しツリー構造を見る

.
├── 0/
│   ├── U
│   ├── epsilon
│   ├── k
│   ├── nuTilda
│   ├── nut
│   └── p
├── Allclean*
├── Allrun*
├── constant/
│   ├── transportProperties
│   └── turbulenceProperties
└── system/
├── blockMeshDict
├── controlDict
├── decomposeParDict
├── fvSchemes
├── fvSolution
└── topoSetDict

3 directories, 16 files

とりあえず、どこも変えず計算を実行してみる

blockMesh

simpleFoam > log.simpleFoam

で計算はできる

paraFoam

でparaviewを開く。

可視化